Jak wykazują najnowsze badania archeologiczne dziki i surowy region Podhala zamieszkały był już w epoce kamiennej . Zaledwie 10 km na południowy wschód od Nowego Targu, w skałach jaskini na Obłazowej odkryto ślady osadnictwa sprzed kilkunastu tysięcy lat, w tym najstarszą na terenie Polski kość ludzką oraz bumerang z ciosu mamuta.
W czasach średniowiecznych, najprawdopodobniej w okolicy dzisiejszego kościółka św. Anny, istniała już zorganizowana osada o nazwie Stare Cło, lub Długie Pole, lokowana przez Cystersów szczyrzkich. W pobliskim zaś Czorsztynie wznosiła się warownia strzegąca granicy węgierskiej, a na południu niewielki zameczek na Skałce w Szaflarach. Z roku 1326 pochodzi pierwsza wzmianka o Novum Forum, które w 1333r. miało już wójta i plebana.
22 VI 1346 r. niejaki Dytrych Szyja otrzymał od króla Kazimierza Wielkiego przywilej ponownej lokacji miasta na prawie magdeburskim. Powstało ono na nowym miejscu, w widłach Bialego i Czarnego Dunajca, w tym też czasie wykształcił się jego miejski układ urbanistyczny z dużym centralnym rynkiem, od którego na wschód i zachód odchodziła jedna ulica. Kazimierz Wielki był również fundatorem pierwszego kościoła pod wezwaniem św. Katarzyny, będącej patronką miasta.
Dzięki licznym przywilejom królewskim i rozwojowi rzemiosła miasto szybko się rozwijało. Już w 1396r. Nowy Targ był ważnym ośrodkiem administracyjnym i handlowym z działającymi w pełnym składzie władzami samorządowymi. Od początku XV w. był zaś miastem królewskim i siedzibą starosty. W XVI w. było tu już 100 domów, miasto uzyskało prawo składowania wielickiej soli i olkuskiego ołowiu, pobierania cła od wiezionych z Węgier towarów, regularnie odbywały się jarmarki.
W końcu XVII w. stale zwiększanie pańszczyzny i łamania prawa przez ówczesnych dzierżawców spowodowały antyfeudalne powstanie górali w Klikuszowej i czarnym Dunajcu, które zakończyły się ogólnym buntem na całym Podhalu i poprowadzeniem oddziałów chłopskich przez Aleksandra Kostkę Napierskiego na zamek w Czorsztynie.
U schyłku Rzeczypospolitej szlacheckiej wskutek pożarów, ciągłych wojen i przemarszów wojsk własnych i obcych Nowy Targ uległ wyludnieniu a w 1772r. został zajęty przez wojska austriackie. Po jednym z pożarów zaborczy zarządca miasta kazał przebudować pierzeje nowotarskiego rynku wyprowadzając z nich po dwie ulice na rogach . Po 100 metrach ulice te na nowa zbiegają sie w jedną arterię przypominając o średniowiecznym wyglądzie miasta.
Około 1820 roku Nowy Targ miał 520, w większości drewnianych domów. Wozy pocztowe zaczęły przywozić pierwszych letników i turystów tatrzańskich. Po uruchomieniu linii kolejowej z Chabówki do Zakopanego nastąpił wzmożony rozwój lokalnego przemysłu, rzemiosła i ruchu turystycznego. Tradycją stały się również słynne czwartkowe jarmarki.
Na początku XX w. powstało także wiele urządzeń i gmachów publicznych, m.in. gimnazjum, gmach "Sokoła", szpital. Miasto było połączone linią kolejową z Krakowem i Wiedniem i stanowiło potężny ośrodek regionalizmu podhalańskiego.
II wojna światowa i okupacja hitlerowska przerwały okres budowania dobrobytu miasta. Bestialskiej zagładzie uległa ludność żydowska z nowotarskiego getta wymordowana w liczbie prawie 2.000 osób na miejscowym cmentarzu. Mimo terroru i represji okupanta w mieście działało kilka central konspiracyjnych, m.in. powstała w czerwcu 1941r. ludowa Konfederacja Tatrzańska, wychodziły podziemne pisma.
Po wojnie Nowy Targ zaczął przyjmować przemysłowy charakter. Odbudowano zniszczony przez Niemców Tartak, powstał kombinat obuwniczy NZPS, fabryczki dla spółdzielni odzieżowej i kuśnierskiej. Równocześnie ruszyła budowa osiedli mieszkaniowych , w których mieszka dziś prawie połowa mieszkańców Nowego Targu. Dzięki lokalnemu zaangażowaniu powstały w mieście obiekty sportowe - Hala Lodowa i KS "Gorce".
Dziś Nowy Targ jak przystało na miasto powiatowe, jest znaczącym w regionie ośrodkiem handlowym, kulturalnym i sportowym. Działają tu liczne hurtownie, wytwórnie obuwia, zakłady kuśnierskie, materiałów budowlanych oraz reprezentujące inne branże. Turysta napotka też bogatą ofertę restauracji, kawiarni małych pubów.
Miasto posiada wspaniale warunki do uprawiania sportów lotniczych, narciarstwa biegowego i łyżwiarstwa szybkiego. Przez cały rok czynne są boiska oraz korty tenisowe.
Nowy Targ jest też doskonałym punktem wypadowym do wycieczek pieszych i rowerowych w bogate krajobrazowo i etnograficznie regionów Gorców, Spisza czy Pienin, akrystaliczne wody Dunajca i jego dopływów są prawdziwym rajem dla wędkarzy.